10477777 发表于 2018-8-16 06:33:13

python生成20个随机的DNA fasta格式文件

import os　　
import random
　　
import string
　　

　　
print (dir(string))
　　

　　
letter = string.ascii_letters
　　

　　
os.chdir("D:\\")
　　

　　
bases = {1:"A", 2:"T", 3:"C", 4:"G"}
　　

　　

　　
## Test random module , get random DNA base
　　

　　
Nth = random.randint(1,4)
　　

　　
print (bases)
　　

　　
## Create random DNA sequences
　　

　　
for i in range(20):
　　
    Number_of_Seq = random.randint(30,50)
　　
    filename = letter
　　
    with open("Sequences"+filename + \
　　
            str(Number_of_Seq)+ ".fasta", "w") as file_output:
　　
      for j in range(Number_of_Seq):
　　
            each_Seq=""
　　
            Rand_len = random.randint(70,120)
　　
            for k in range(Rand_len):
　　
                Nth = random.randint(1,4)
　　
                each_Seq += bases
　　

　　
            file_output.write(">seq_"+str(Number_of_Seq)+ \
　　
                              "_"+str(Rand_len)+"\n")
　　
            file_output.write(each_Seq+"\n")
页: [1]
查看完整版本: python生成20个随机的DNA fasta格式文件