sharpds77 发表于 2015-5-27 08:41:55

NCBI总结ftp

  ftp地址:
  ftp.ncbi.nih.gov:/genomes 2012年2月3日
  大概按目录的字母顺序翻译了一下。除去了真菌细菌和病毒(实在太多了!) 个人觉得数据还不是很全。例如Bombyx mori,家蚕的数据就没有。
  (某些拉丁名不完全规范)
  总目录
  Acyrthosiphon pisum 蚜虫
  Aedes egypti埃及伊蚊
  Ailuropoda melanoleuca 大熊猫
  Amphimedon queenslandica大堡礁海绵
  Anolis carolinensis北美绿蜥蜴
  Anopheles gambiae冈比亚按蚊
  Apis mellifera 蜜蜂
  Arabidopsis lyrata琴叶拟南芥
  Arabidopsis thaliana 拟南芥
  Bombus impatiens 某种熊蜂
  Bombus terrestris 某种熊蜂
  Bos Taurus 牛
  Brachypodium distachyon二穗短柄草
  Branchiostoma floridae 文昌鱼
  Brugia malayi马来丝虫
  Caenorhabditis elegans秀丽隐杆线虫
  Callithrix jacchus狨猴
  Canis familiaris /Canis_lupus_familiaris 家犬
  Cavia porcellus土拨鼠/豚鼠,也叫做荷兰猪
  Ciona intestinalis玻璃海鞘
  Cricetulus griseus中国仓鼠
  Danio rerio 斑马鱼
  Drosophila melanogaster 果蝇
  Drosophila pseudoobscura拟暗果蝇
  Equus caballus普氏野马
  Gallus gallus 鸡
  Glycine max 大豆
  Homo sapiens 智人
  Hydra magnipapillata大乳头水螅
  Loxodonta Africana非洲象
  Mus musculus 小鼠
  Macaca mulatta猕猴
  Medicago truncatula蒺藜苜蓿
  Meleagris gallopavo 火鸡
  Monodelphis domestica短尾猊
  Nasonia vitripennis丽蝇蛹集金小蜂
  Nomascus leucogenys白颊长臂猿
  Oreochromis niloticus罗非鱼
  Ornithorhynchus anatinus鸭嘴兽
  Oryctolagus cuniculus穴兔。入侵物种之一
  Oryza sativa 水稻
  Pan troglodytes潘穴居人,黑猩猩
  Physcomitrella patens小立碗藓
  Plasmodium_falciparum 恶心疟原虫
  Pongo abelii苏门达腊猩猩
  Populus trichocarpa 杨树
  Rattus norvegicus 大鼠
  Saccoglossus kowalevskii囊舌虫。好恶心的虫子…
  Sorghum bicolor 高粱
  Strongylocentrotus purpuratus紫色球海胆
  Sus scrofa 野猪
  Taeniopygia guttata 珍珠鸟。这么漂亮的鸟儿也测序了呢~
  Tribolium castaneum谷蛀虫
  Vitis vinifera 葡萄
  Xenopus Silurana tropicalis非洲蟾蜍
  
  “Protozoa”目录 原生动物
  Cryptosporidium parvum微小隐孢子虫
  Dictyostelium discoideum阿米巴虫
  Leishmania braziliensis巴西利什曼原虫
  Leishmania infantum利什曼原虫
  Leishmania major利什曼原虫
  Plasmodium falciparum 恶性疟原虫
  Theileria annulata牛环形泰勒虫
  Theileria parva小泰勒虫
  Trypanosomabrucei锥虫
  
  “PLANT”目录。貌似不是完整的基因组序列。注释如下:
  “This directory contains the files of material used in, or associated with the maps provided in MapViewer. This directory contains organism directories that hold files of various types of sequence files for the organism. These are:
  i) .BES.gz, the clone-end sequences in FASTA format from bacterial artifical chromosome libraries
  ii) .SES.gz, the clone-end sequences in FASTA format from genomic shotgun libraries
  iii) .DArT.gz, the DArT sequences in FASTA format.”
  Amaranthus hypochondriacus 苋
  Aquilegia Formosa耧斗菜
  Arabidopsis halleri鼠耳芥
  Arabidopsis thaliana 拟南芥
  Arachis duranensis蔓花生
  Arachis hypogaea 花生
  Asparagus officinalis 芦笋
  Asplenium蕨类
  Avena sativa燕麦
  Beta vulgaris 甜萝卜
  Brachypodium distachyon 二穗短柄草
  Brassica napus 油菜
  Brassica oleracea 甘蓝
  Brassica rapa 芜菁
  Cajanus cajan 木豆
  Carica papaya番木瓜
  Chlamydomonas reinhardtii莱茵衣藻
  Cicer arietinum鹰嘴豆
  Citrus clementina金钱橘
  Coffea arabica 咖啡树
  Cucumis melo 香瓜
  Cucumis sativus 黄瓜
  Garovaglia 苔类
  Glycine max 大豆
  Glycine soja 野生大豆
  Glycine tomentella短绒野大豆
  Gossypium arboreum 亚洲棉
  Gossypium barbadense 海岛棉
  Gossypium exiguum 某种棉
  Gossypium herbaceum草棉
  Gossypium hirsutum 陆地棉
  Gossypium raimondii雷蒙德氏棉
  Hevea brasiliensis橡胶树
  Hordeum vulgare 大麦
  Liriodendron tulipifera北美鹅掌楸
  Lolium perenne 黑麦草
  Lotus japonicus百脉根。名字有个Lotus居然不是睡莲科的,而是豆科的
  Manihot esculenta 木薯。这个,生木薯有氰化物…
  Medicago truncatula蒺藜苜蓿
  Mimulus guttatus野生猴面花
  Mimulus lewisii刘易斯猴面花
  Musa acuminata 香蕉
  Oryza alta高秆野生稻
  Oryza australiensis野生稻
  Oryza brachyantha花药野生稻
  Oryza coarctata 某种稻
  Oryza glaberrima光稃稻
  Oryza granulate疣粒稻
  Oryza longistaminata长雄野生稻
  Oryza minuta小粒野生稻
  Oryza nivara印度野生稻
  Oryza officinalis药用稻
  Oryza punctata斑点野生稻
  Oryza ridleyi野生稻
  Oryza rufipogon 普通野生稻
  Oryza sativa 水稻。各种稻…果然还是民以食为天!
  Ostreococcus tauri绿藻
  Panax ginseng 人参
  Phaseolus vulgaris 菜豆
  Prunus persica 桃
  Secale cereale 黑麦
  Setaria italica粟
  Sisymbrium irio水蒜芥
  Solanum cheesmaniae 某种番茄
  Solanum lycopersicum栽培番茄
  Solanum pennellii野生种潘那利番茄
  Solanum phureja 某种马铃薯
  Solanum tuberosum 马铃薯。去年的natrue测序文章。NCBI的数据库更新不及时么?这儿只有BES的数据。
  Sorghum bicolor 高粱
  Sorghum propinquum拟高梁
  Trifolium repens白花车轴草
  Triticum aestivum 普通小麦
  Triticum monococcum一粒小麦。这个名儿好玩
  Vigna unguiculata豇豆
  Vitis vinifera 葡萄
  Zea mays 玉米
  
  
  “BACENDS”目录
  Apis mellifera 蜜蜂
  Arabidopsis thaliana 拟南芥
  Glycine max 大豆
  Oryza sativa 水稻
  Schistosoma mansoni曼氏血吸虫
  Solanum lycopersicum
  Strongylocentrotus purpuratus紫色球海胆
  Triticum aestivum普通小麦
  Trypanosome brucei锥虫
  Trypanosome cruzi克氏锥虫
  Zea mays 玉米
  
  “CLONEEND”目录
  Anopheles gambiae 冈比亚按蚊
  Bos taurus 牛
  Canis familiaris 家犬
  Cercopithecus aethiops非洲绿猴
  Drosophila melanogaster 果蝇
  Equus caballus普氏野马
  Gallus gallus 鸡
  Gasterosteus aculeatus三刺鱼
  Homo sapiens 人
  Medicago truncatula蒺藜苜蓿
  Mus musculus 小鼠
  Ovis aries 羊
  Pan troglodytes潘穴居人,黑猩猩
  Rattus norvegicus 大鼠
  Sus scrofa 野猪
  Trypanosome brucei 锥虫
  Xenopus tropicalis非洲爪蟾,热带爪蟾
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