Linux下Python科学计算包numpy和SciPy的安装

颇为阿娇978

　　系统环境：
　　OS：RedHat5
　　Python版本：Python2.7.3
　　gcc版本：4.1.2
　　
　　各个安装包版本：
　　scipy-0.11.0
　　numpy-1.6.2
　　nose-1.2.1
　　lapack-3.4.2
　　atlas-3.10.0
　　
　　依赖关系：scipy的安装需要依赖于numpy、lapack、atlas（后两者都是线性代数工具包），而numpy和sci的测试程序的运行又依赖于nose，因此，整个安装过程必须要按顺序执行的，否则是无法执行下去的。
　　
　　安装步骤：
　　1、安装nose
　　这个安装比较简单，解压缩nose的安装文件，进入nose的目录，直接运行setup.py即可：
　　tar -zxvf nose-1.2.1.tar.gz
　　cd nose-1.2.1
　　python setup.py install
　　
　　2、安装lapack
　　由于最新版本的ATLAS可以直接集成lapack的安装压缩文件进行编译，因此，如果仅在python下使用的话，可以不用安装lapack。只需要下载压缩文件：lapack-3.4.2.tgz 即可。
　　
　　3、安装ATLAS
　　这个的安装主要是配置一些选项，包括配置成64位库文件、位置无关的以及共享的链接库。详细的配置说明在atlas安装包 doc/ 下的pdf文件中。可查阅。
　　下面是我的安装过程：
　　tar -jxvf atlas3.10.0.tar.bz2
　　cd ATLAS
　　mkdir obj64
　　../configure -b 64 -Fa alg -fPIC -shared --prefix=/配置atlas的安装路径/atlas --with-netlib-lapack-tarfile=/lapack安装压缩文件存放的目录/lapack-3.4.2.tgz
　　(注：这个配置时间非常长，在Core i7 处理上，大概1个小时左右)
　　make
　　（下面是一些检查过程，保证没有问题之后再进行安装）
　　make check
　　make time
　　make install
　　至此，atlas安装完成。不过我们要记录下编译过程中所用的fortran编译器类型，这个信息在下面安装numpy和scipy的时候要用。还是在目录 obj64/ 下，执行
　　fgrep "F77 =" Make.inc
可以看到  F77 =gfortran
记下这个编译器类型 gfortran.
　　
　　4、安装numpy
　　numpy和scipy的安装过程都要显式的指明所用fortran编译器的类型，而且要与前面编译atlas时一致（在本文中即：gfortran），这一点非常重要，否则很多功能都会出错。
　　首先配置numpy目录下的site.cfg文件，指明atlas库的位置：
　　tar -zxvfnumpy-1.6.2.tar.gz
　　cd numpy-1.6.2
　　cp site.cfg.examplesite.cfg
　　vim site.cfg
　　配置成如下格式：
　　[DEFAULT]
library_dirs = /usr/local/lib:/atlas的安装目录/atlas/lib
include_dirs = /usr/local/include:/atlas的安装目录/include
　　[blas_opt]
libraries = f77blas, cblas, atlas
　　[lapack_opt]
libraries = lapack, f77blas, cblas, atlas
　　[amd]
amd_libs = amd
[umfpack]
umfpack_libs = umfpack
　　
　　接下来配置安装numpy所需要的Fortran编译器类型：
　　如果前面得到的Fortran编译器是gfortran的话，执行：
　　python setup.pybuild --fcompiler=gnu95
　　如果前面得到的Fortran编译器是g77的话，执行：
　　python setup.pybuild --fcompiler=gnu
　　
　　然后执行
　　python setup.pyinstall
　　安装完成
　　
　　5、安装scipy
　　与安装numpy类似：
　　tar -zxvfscipy-0.11.0.tar.gz
　　cdscipy-0.11.0
　　vim site.cfg
　　配置成如下格式：
　　[DEFAULT]
library_dirs = /usr/local/lib:/atlas的安装目录/atlas/lib
include_dirs = /usr/local/include:/atlas的安装目录/include
　　[blas_opt]
libraries = f77blas, cblas, atlas
　　[lapack_opt]
libraries = lapack, f77blas, cblas, atlas
　　[amd]
amd_libs = amd
[umfpack]
umfpack_libs = umfpack
　　
　　接下来配置安装numpy所需要的Fortran编译器类型：
　　如果前面得到的Fortran编译器是gfortran的话，执行：
　　python setup.pybuild --fcompiler=gnu95
　　如果前面得到的Fortran编译器是g77的话，执行：
　　python setup.pybuild --fcompiler=gnu
　　
　　然后执行
　　python setup.pyinstall
　　安装完成
　　
　　然后可以在python下执行相应的测试程序：
　　python
　　>>>import nose
　　>>> import numpy
　　>>>import scipy
　　>>>numpy.test('full')
　　>>>scipy.test('full')
　　
　　REF:
　　http://blog.sina.com.cn/s/blog_62dfdc740101aoo6.html