NCBI总结ftp

sharpds77

　　ftp地址：
　　ftp.ncbi.nih.gov:/genomes 2012年2月3日
　　大概按目录的字母顺序翻译了一下。除去了真菌细菌和病毒（实在太多了！） 个人觉得数据还不是很全。例如Bombyx mori，家蚕的数据就没有。
　　（某些拉丁名不完全规范）
　　总目录
　　Acyrthosiphon pisum 蚜虫
　　Aedes egypti埃及伊蚊
　　Ailuropoda melanoleuca 大熊猫
　　Amphimedon queenslandica大堡礁海绵
　　Anolis carolinensis北美绿蜥蜴
　　Anopheles gambiae冈比亚按蚊
　　Apis mellifera 蜜蜂
　　Arabidopsis lyrata琴叶拟南芥
　　Arabidopsis thaliana 拟南芥
　　Bombus impatiens 某种熊蜂
　　Bombus terrestris 某种熊蜂
　　Bos Taurus 牛
　　Brachypodium distachyon二穗短柄草
　　Branchiostoma floridae 文昌鱼
　　Brugia malayi马来丝虫
　　Caenorhabditis elegans秀丽隐杆线虫
　　Callithrix jacchus狨猴
　　Canis familiaris /Canis_lupus_familiaris 家犬
　　Cavia porcellus土拨鼠/豚鼠，也叫做荷兰猪
　　Ciona intestinalis玻璃海鞘
　　Cricetulus griseus中国仓鼠
　　Danio rerio 斑马鱼
　　Drosophila melanogaster 果蝇
　　Drosophila pseudoobscura拟暗果蝇
　　Equus caballus普氏野马
　　Gallus gallus 鸡
　　Glycine max 大豆
　　Homo sapiens 智人
　　Hydra magnipapillata大乳头水螅
　　Loxodonta Africana非洲象
　　Mus musculus 小鼠
　　Macaca mulatta猕猴
　　Medicago truncatula蒺藜苜蓿
　　Meleagris gallopavo 火鸡
　　Monodelphis domestica短尾猊
　　Nasonia vitripennis丽蝇蛹集金小蜂
　　Nomascus leucogenys白颊长臂猿
　　Oreochromis niloticus罗非鱼
　　Ornithorhynchus anatinus鸭嘴兽
　　Oryctolagus cuniculus穴兔。入侵物种之一
　　Oryza sativa 水稻
　　Pan troglodytes潘穴居人，黑猩猩
　　Physcomitrella patens小立碗藓
　　Plasmodium_falciparum 恶心疟原虫
　　Pongo abelii苏门达腊猩猩
　　Populus trichocarpa 杨树
　　Rattus norvegicus 大鼠
　　Saccoglossus kowalevskii囊舌虫。好恶心的虫子…
　　Sorghum bicolor 高粱
　　Strongylocentrotus purpuratus紫色球海胆
　　Sus scrofa 野猪
　　Taeniopygia guttata 珍珠鸟。这么漂亮的鸟儿也测序了呢~
　　Tribolium castaneum谷蛀虫
　　Vitis vinifera 葡萄
　　Xenopus Silurana tropicalis非洲蟾蜍
　　
　　“Protozoa”目录 原生动物
　　Cryptosporidium parvum微小隐孢子虫
　　Dictyostelium discoideum阿米巴虫
　　Leishmania braziliensis巴西利什曼原虫
　　Leishmania infantum利什曼原虫
　　Leishmania major利什曼原虫
　　Plasmodium falciparum 恶性疟原虫
　　Theileria annulata牛环形泰勒虫
　　Theileria parva小泰勒虫
　　Trypanosomabrucei锥虫
　　
　　“PLANT”目录。貌似不是完整的基因组序列。注释如下：
　　“This directory contains the files of material used in, or associated with the maps provided in MapViewer. This directory contains organism directories that hold files of various types of sequence files for the organism. These are:
　　i) .BES.gz, the clone-end sequences in FASTA format from bacterial artifical chromosome libraries
　　ii) .SES.gz, the clone-end sequences in FASTA format from genomic shotgun libraries
　　iii) .DArT.gz, the DArT sequences in FASTA format.”
　　Amaranthus hypochondriacus 苋
　　Aquilegia Formosa耧斗菜
　　Arabidopsis halleri鼠耳芥
　　Arabidopsis thaliana 拟南芥
　　Arachis duranensis蔓花生
　　Arachis hypogaea 花生
　　Asparagus officinalis 芦笋
　　Asplenium蕨类
　　Avena sativa燕麦
　　Beta vulgaris 甜萝卜
　　Brachypodium distachyon 二穗短柄草
　　Brassica napus 油菜
　　Brassica oleracea 甘蓝
　　Brassica rapa 芜菁
　　Cajanus cajan 木豆
　　Carica papaya番木瓜
　　Chlamydomonas reinhardtii莱茵衣藻
　　Cicer arietinum鹰嘴豆
　　Citrus clementina金钱橘
　　Coffea arabica 咖啡树
　　Cucumis melo 香瓜
　　Cucumis sativus 黄瓜
　　Garovaglia 苔类
　　Glycine max 大豆
　　Glycine soja 野生大豆
　　Glycine tomentella短绒野大豆
　　Gossypium arboreum 亚洲棉
　　Gossypium barbadense 海岛棉
　　Gossypium exiguum 某种棉
　　Gossypium herbaceum草棉
　　Gossypium hirsutum 陆地棉
　　Gossypium raimondii雷蒙德氏棉
　　Hevea brasiliensis橡胶树
　　Hordeum vulgare 大麦
　　Liriodendron tulipifera北美鹅掌楸
　　Lolium perenne 黑麦草
　　Lotus japonicus百脉根。名字有个Lotus居然不是睡莲科的，而是豆科的
　　Manihot esculenta 木薯。这个，生木薯有氰化物…
　　Medicago truncatula蒺藜苜蓿
　　Mimulus guttatus野生猴面花
　　Mimulus lewisii刘易斯猴面花
　　Musa acuminata 香蕉
　　Oryza alta高秆野生稻
　　Oryza australiensis野生稻
　　Oryza brachyantha花药野生稻
　　Oryza coarctata 某种稻
　　Oryza glaberrima光稃稻
　　Oryza granulate疣粒稻
　　Oryza longistaminata长雄野生稻
　　Oryza minuta小粒野生稻
　　Oryza nivara印度野生稻
　　Oryza officinalis药用稻
　　Oryza punctata斑点野生稻
　　Oryza ridleyi野生稻
　　Oryza rufipogon 普通野生稻
　　Oryza sativa 水稻。各种稻…果然还是民以食为天！
　　Ostreococcus tauri绿藻
　　Panax ginseng 人参
　　Phaseolus vulgaris 菜豆
　　Prunus persica 桃
　　Secale cereale 黑麦
　　Setaria italica粟
　　Sisymbrium irio水蒜芥
　　Solanum cheesmaniae 某种番茄
　　Solanum lycopersicum栽培番茄
　　Solanum pennellii野生种潘那利番茄
　　Solanum phureja 某种马铃薯
　　Solanum tuberosum 马铃薯。去年的natrue测序文章。NCBI的数据库更新不及时么？这儿只有BES的数据。
　　Sorghum bicolor 高粱
　　Sorghum propinquum拟高梁
　　Trifolium repens白花车轴草
　　Triticum aestivum 普通小麦
　　Triticum monococcum一粒小麦。这个名儿好玩
　　Vigna unguiculata豇豆
　　Vitis vinifera 葡萄
　　Zea mays 玉米
　　
　　
　　“BACENDS”目录
　　Apis mellifera 蜜蜂
　　Arabidopsis thaliana 拟南芥
　　Glycine max 大豆
　　Oryza sativa 水稻
　　Schistosoma mansoni曼氏血吸虫
　　Solanum lycopersicum
　　Strongylocentrotus purpuratus紫色球海胆
　　Triticum aestivum普通小麦
　　Trypanosome brucei锥虫
　　Trypanosome cruzi克氏锥虫
　　Zea mays 玉米
　　
　　“CLONEEND”目录
　　Anopheles gambiae 冈比亚按蚊
　　Bos taurus 牛
　　Canis familiaris 家犬
　　Cercopithecus aethiops非洲绿猴
　　Drosophila melanogaster 果蝇
　　Equus caballus普氏野马
　　Gallus gallus 鸡
　　Gasterosteus aculeatus三刺鱼
　　Homo sapiens 人
　　Medicago truncatula蒺藜苜蓿
　　Mus musculus 小鼠
　　Ovis aries 羊
　　Pan troglodytes潘穴居人，黑猩猩
　　Rattus norvegicus 大鼠
　　Sus scrofa 野猪
　　Trypanosome brucei 锥虫
　　Xenopus tropicalis非洲爪蟾，热带爪蟾