Perl 程序 筛选记录保存文件

dew

今天早上，有这样的需求，一批文件，12个，每个文件命名规则是promoter_****,
这些文件中保存一条条记录，每条记录10个字段，第七个字段，要取出来，如果该字段绝对值小于等于1000，则将该记录取出来，保存到promoterLT1000_****中
用vi :setlist观察文件，发现记录字段以^I(\t)分隔，所以只需读出每条记录，然后，将该记录split,比较得到的数组的偏移为6的绝对值是否不大于1000，然，则打印出来
处理程序(promoterLT1000.pl)如下：
#!/usr/bin/perl
my $in = $ARGV[0];
my $out = $ARGV[1];
die "没有输入文件" if(!defined($in));
die "没有输出文件" if(!defined($out));
open(RH,$in) or die "不能读$in:$!";
my @lines = <RH>;
close RH;
open(WH,">$out") or die "不能写$out:$!";
for($i = 0; $i < @lines; $i ++){
    my @fields = split(/\t/,$lines[$i]);
    if($fields[6] >= -1000 && $fields[6] <= 1000){
        print WH $lines[$i];
    }
}
close WH;
为例方便处理问题，我又写了一个外部程序来调用该脚本，首先 将所有需要处理的文件名写入文件in.txt
#ls promoter_* > in.txt
然后，编写perl脚本，构造输出文件名，写入in_out.txt（其实这一步可以直接将每一行构造成perl in out直接将文件写成shell^_^）
脚本如下(in_out.pl)：
#!/usr/bin/perl
open(RH,"in.txt") or die "$!";
my @lines = <RH>;
chomp @lines;
close RH;
open(WH,">in_out.txt") or die "$!";
for(my $i = 0; $i < @lines; $i ++){
    my @fields = split(/_/,$lines[$i]);
    print WH "$lines[$i]\t".$fields[0]."LT1000_".$fields[1]."\n";
}
close WH;
这样，在in_out.txt中就保存有输入文件和输出文件名，接下来就是编写一个外围的程序，处理这一批文件
，具体是这样的，写一个脚本，第一个参数 是调用的perl脚本，第二个参数是保存输入输出文件名的文件
源代码（cmder.pl）如下：
#!/usr/bin/perl
my $perlcmd = $ARGV[0];
die "no perl script" if(!defined($perlcmd));
my $in = $ARGV[1];
die "no input" if (!defined($in));
open(RH,$in) or die "$!";
my @lines = <RH>; chomp @lines;
close RH;
for(my $i = 0; $i < @lines; $i ++){
    my @fields = split(/\t/,$lines[$i]);
    system("perl $perlcmd $fields[0] $fields[1]");
}
最后，执行如下
#perl cmder.pl promoterLT1000.pl in_out.txt
如果写成了shell,则直接
#bash in_out.sh