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[经验分享] 请教一道Perl的笔试题

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发表于 2017-5-18 12:39:28 | 显示全部楼层 |阅读模式
1.从下列网址拷贝一小段大肠杆菌0157菌株的FASTA格式DNA序列作为测试数据:(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/56384585?report=fasta&log$=seqview)
FASTA格式如下:
>E.coli
ACGT********
2.针对这段序列用perl语言写一个程序,要求如下:
a.把序列切割成等长且有一定重叠的小段,放在一个FASTA格式的文件中。
b.输入文件、输出文件、切分长度和重叠长度需要作为运行的参数从外部输入。
c.拆分好的序列名字为原来的序列名字加位置信息(在原来序列上的起始和终止位置),如原来的序列名为E.coli,新的就是E.coli_1-100、E.coli_81-180、......
例:
输入文件的名字是input.fasta,需要拆分成长度为100,重叠长度为10的序列片段。
运行命令:
perl program.pl input.fasta output.fasta 100 20
-----程序名------输入文件----输出文件---长度--重叠
输出文件格式:
>E.coli_1-100
ACGT********
E.coli_81-180
ACGT********
......

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