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[经验分享] python读取table文件

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erwewwe

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发表于 2017-12-7 14:59:37 | 显示全部楼层 |阅读模式

有个table文件，有时候需要处理header ，可以用linecache 模块

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#!/usr/bin/env python
# -*- coding: ascii -*-
import linecache
import fileinput
import sys
from collections import defaultdict
inputFile = sys.argv[1]
headerLine = linecache.getline(inputFile, 1).strip()
#print(headerLine)
Probenames = headerLine.split("\t")[1:]
inputH = open(inputFile, "r")

d = defaultdict(list)
for line in inputH:
if "Sample" not in line:
      z = line.rstrip().split("\t")[1:]
      for num, p_data in enumerate(z):
         if p_data != "":
            d[Probenames[num]].append(p_data)
inputH.close()
print("NameProbe\tdata")
for p in d:
for x in d[p]:
      #print(x, d[p])
      print("{0}\t{1}".format(p, x))

当然也可以用 fileinput 模块

参考： https://docs.python.org/3/library/fileinput.html#fileinput.isfirstline

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